沉湖湿地自然保护区管理局非常重视监测工作。为了做好每年的监测工作，都会制定详细的监测计划，包括监测的方法、时间、地点、进度安排等详细内容。同时，通过多种培训方式提高监测人员的鸟类识别、疫源疫病知识、植物基础等监测能力。
    目前，保护区通过多种途径展开了鸟类监测、疫源疫病监测、水文监测、水质监测、生态环境监测等多种监测，掌握了沉湖湿地的基本生态情况。同时，作为全国“陆生野生动物疫源疫病监测国家级监测站”的三个示范站之一，一直坚持将保护区内的野生动物，尤其是大量野生鸟类作为重点监测对象，每天及时向上级主管部门报告监测情况，严防高致病性传染病的发生。